Santiago Auserón colabora en el nuevo trabajo de Kepa Junquera, Extea (Warner,2008), cantando la canción Nere sentimendua. Un disco en el que 27 temas tradicionales de la cultura vasca se rodean de nombres como Santiago Auserón, Estrella Morente, José Antonio Ramos, Dulce Pontes, Miguel Bosé, Ana Belén, Víctor Manuel, Sole Giménez, Miguel Ríos, Michel Camilo, Andrés Calamaro, Joaquín Díaz, Amancio Prada, Roberto Fonseca, Tito Paris… y así hasta 42 cantantes y 15 músicos de contrastadísima calidad para cimentar una casa musical abierta a todo aquel visitante que quiera entrar.

Colabora con Carmen París en su nuevo disco Incubando (DRO, 2008) cantando el tema 25 Años, del cubano Raúl Paz.

Santiago Auserón produce junto con Tete Montoliu y Javier Colina este disco, grabado en agosto de 1995 en el Café Central de Madrid, dos generaciones de Jazz se dieron cita en torno a una intuición compartida.

Grabación de uno de los conciertos de la gira homenaje a Leonard Cohen organizada por Alberto Manzano. El concierto celebrado en San Cugat del Vallés se enmarcaba en la duodécima edición del Festival Barna-Sants. La nómina de músicos que participarón en el homenaje, junto a Santiago Auserón, se completó con Perla Batalla, Jackson Browne, John Cale, Elliot Murphy, Adam Cohen, Javier Colis, Jabier Muguruza, Christina Rosenvinge, Toti Soler, Duquende, Luis Eduardo Aute y Anjani Thomas, compañera de Leonard Cohen. Santiago interpreta en inglés y español la canción You Know Who I Am / Tú sabes quién soy.

Santiago Auserón colabora en el disco de Javier Colina Si te contara (PLC música, 2006) cantando el tema ¡Ay, qué bueno!

Santiago Auserón escribe la letra del tema Desilusión, para la música compuesta por la gran cantante y compositora brasileña Rosa Passos.

Homenaje a Pau Riba: la banda de Llibert Fortuny más una quincena de cantantes, entre ellos Santiago Auserón, Albert Plá y Sisa, interpretan canciones del doble disco legendario con el que Pau Riba empezó su carrera en solitario.

Santiago Auserón colabora con Marina Rossell en su nuevo trabajo Marítim interpretando el tema Rosó. Participó con ella en el Palau de la Música interpretando el mismo tema y la canción Ya sabes mi paradero.

Compone la letra del tema Marina del disco de Raimundo Amador Isla menor (Universal Music Spain, 2003).

Diseña la banda de La Fábrica de Tonadas en colaboración con Cuadernos de Jazz.

Participa en el nuevo trabajo de Guerrilla Gorila Un mundo Feliz (Hook, 2003) interpretando la canción Minuto Cero.

Colabora en el nuevo trabajo de Antonio Smash Jardín Secreto (NSL, Dro East West, 2001) escribiendo las letras de Un nuevo día, No consigo despertar, Jardín secreto y Si te dicen de mí.

Interviene en el tema Virgen del pino del disco de Compay Segundo Duets (Dro East West, 2001)

Santiago Auserón compone la música y letra de las doce canciones de la obra teatral Cacao, una acida y trepidante comedia musical basada libremente en las historietas del autor de cómic francés Gérard Lauzier.

Colabora en el nuevo trabajo de Pancho Amat y su cabildo del son De San Antonio a Maisí (Resistencia, 2000) cantando el tema  Al Vaivén de mi Carreta.

Interpreta Historia de la Radio en la sala madrileña La Boca del Lobo, acompañado por la formación de músicos cubanos. Dicho tema se incluye en un recopilatorio editado por La Boca del Lobo Producciones, 1999.

Arreglos vocales en el tema Las mentiras del amor y colaboración en La casa del disco Klub (Dro East West, 1999) del grupo homónimo.

Interpreta La Luna Asoma y Cancioncilla del Primer Deseo en el disco recopilatorio Federico García Lorca, De Granada a la Luna (Sombrarecords, 1998) dedicado al poeta en el centenario de su nacimiento.

Colabora en el Álbum de Carlos Cano Casida de la mujer tendida (EMI,1998) cantando la canción Diván del tamarit.

Canta la canción Memphis Blues en el nuevo trabajo de Kiko Veneno Puro Veneno (BMG - Ariola, 1998).

Produce junto con Luis Auserón y Carlos Martos el segundo trabajo en solitario de Luis Auserón. Realiza los arreglos vocales y hace los coros en la canción Loca perdida.

Santiago Auserón produce la primera antologia de Compay Segundo para la Nueva Sociedad Lírica, en colaboración con el Instituto Cubano de la Música. En esta antología quedó registrado el momento más lúcido de su carrera musical –según él mismo decía en los últimos meses: “ese disco es el Caballo”- y buena parte del magnetismo de su inspirado carácter.

Colabora en el disco Mentiras (BMG - Ariona, 1995) de Enrique Sierra y los Ventiladores.

Colabora en el disco Amnistía Internacional (Avispa, 1994) cantando El Puente Azul grabado en directo el 18 de marzo de 1993 en San Sebastián.

Coros en La Meva Pinta del disco de Pau Riba Disc Dur (Ariola, 1993).

Santiago Auserón produce la antología  Semilla del Son (BMG - RCA, 1992), una recopilación de temas, interpretes y autores esenciales del  Son Cubano, entre ellos Benny Moré, El Trio Matamoros, Arsenio Rodríguez, Compay Segundo, Miguelito Valdés, Felix Chappottín, Niño Rivera, El Guayabero... y otros grandes artistas de la música cubana. El fruto de un arduo trabajo de investigación y selección realizado por Santaigo Auserón, en colaboración con la Empresa de Grabaciones y Ediciones Musicales de Cuba (EGREM).

Interviene en Bonito es (versión rap) en el disco de Los Sencillos Encasadenadie (BMG - RCA, 1992).

Colabora en los temas Sola, Na y Na Chiquillo, El palo y El ciclón del disco Noun (Virgin España, 1990) de La Fura dels Baus.

Compone e interpreta la versión en español del single de Jean-Jacques Burnel El Whiskey (Epic, 1988).

Colabora en el disco El año del cometa de Miguel Rios componiendo, junto a su hermano Luís Auserón, el tema El ruido de fondo.

Compone las letras de los temas Deseo en silencio y Nunca más del LP Luz (Serdisco, 1985) de Luz Casal.

Canta en El Club del Alcohol del LP Maratón (Ariola, 1985) de Danza Invisible.

Compone los temas No se ría, La bola de cristal y Soy un electroduende para el programa de televisión La bola de cristal que se incluyen en este CD.

Adaptación al español del tema de S. Maillard y John Parsons que da nombre al LP Los Ojos del Gato (Serdisco, 1984) de Luz Casal.

Pone música al tema Amor en Frío incluido en el Single El Hombre Salvaje (RCA, 1981) de Las Chinas.